Membro integrado do Centro de Estudos Filosóficos e Humanísticos (Faculdade de Filosofia e Ciências Sociais – Universidade Católica Portuguesa), João Paulo Braga tem desenvolvido trabalho de investigação literária, com especial incidência na obra de Camilo Castelo Branco, sobre a qual defendeu tese de doutoramento em 2011, na Universidade Católica Portuguesa. A sua colaboração com o Centro de Estudos Camilianos tem-se concretizado na edição de textos de Camilo e na produção e edição de estudos sobre o romancista de Seide, nomeadamente as Obras de Camilo (oito volumes), da editora Glaciar, e o volume Revisões do trágico em Camilo Castelo Branco (2024).